WolNa, мы каждый раз находимся в подобной ситуации (проект ГЭС разрабатывается в среднем 2 года, еще пол года уходит на раскачивание заказчика и прохождение тех.экспертизы)), объем документации - 6-8 томов по 300 листов ) ...
Да, экспертиза закрывает глаза на старые прайсы, но в замечаниях обязывает их пересчитать по индексам даты на момент подачи в экспертизу. Никаких нормамативных ссылок нет, это смысловое требование и с ним приходится согласиться. Другое дело, что мы пересчитываем только ценообразующие стоимости, при этом стараемся актуализировать эти прайсы, и делаем это уже после получения замечания экспертизы, заведомо подавая документацию в ценах более раннего периода (1-2 квартала). Этот компромисс выгоден обоим сторонам (мы не делаем лишней работы, экспертиза получает некоторое снижение стоимости, как им и предписано). Наши заказчики при этом понимают суть вопроса (если не понимают, проводим разъяснительные беседы ))
Если вы подаете документацию только заказчику, то он формально прав в своем требовании.

Размер затрат 0,2% определяется сметным расчетом по итогу глав 1-9 в текущих ценах + затраты на проезд сотрудников авторского надзора в текущих ценах; суммарные затраты после этого переводятся в цены 2000г. с индексом на проектные работы (так называемый метод "обратного счета").
Главгосэкспертиза трактует п.12.3 МДС 81-35.2004 аналогично (прошли уже не один проект)